Испания, 1944 год. В лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. Офелия, увлеченная сказками, находит поблизости древний заброшенный лабиринт, где её встречает фея и проводит в самое сердце этого таинственного места.
Там девочка знакомится с Фавном, хранителем подземного царства. Существо открывает ей удивительную тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую веками искал её отец. Фавн предлагает ей шанс вернуться домой, но для этого она должна выполнить три испытания до полнолуния. Главное условие — абсолютная секретность, никто не должен узнать о её миссии.